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L'Open source au service de l'imagerie médicale en Algérie

par Abdelkader Zahar

Linda, Amira et Kenza, respectivement professeur d'électronique à l'USTHB et deux de ses étudiantes en doctorat et en PFE de Master 2, travaillent sur des projets d'utilisation et de développement de logiciels libres destinés à l'imagerie médicale. Rencontrées à la "GNU/Linux Install Party 4", elles nous font part de leur expérience dans l'usage de ces logiciels Open source et de leur souhait de création d'une entité multidisciplinaire pour doper la recherche scientifique.

L'usage des logiciels libres à l'université ne date pas d'aujourd'hui. Depuis quelques années déjà, plusieurs laboratoires de l'USTHB, et d'autres établissements de l'enseignement supérieur en Algérie, ont sauté le verrou du logiciel propriétaire, vers celui du libre et modulable à souhait. Mme Linda Oulebsir Boumghar, professeur à la Faculté d'électronique et d'informatique de l'USTHB, dirige une équipe de jeunes chercheurs, doctorants, qui travaillent sur des projets de «Plateforme open source pour des applications d'imagerie médicale». L'équipe ParIMéd du laboratoire LRPE utilise des applications libres, qu'elle modifie selon les besoins des projets de recherche, et développe ses propres logiciels, toujours dans l'esprit du libre, autour du système d'exploitation Linux. «Nous développons nos propres logiciels. Par contre, pour les mettre en forme comme le font les promoteurs des logiciels libres que nous utilisons, il faut un gros moyen de travail et plusieurs équipes», affirme le Pr Boumghar. Selon elle, «dans quatre ou cinq ans, il sera possible d'éditer des logiciels» destinés au secteur de la recherche, à condition de disposer des ressources humaines pluridisciplinaires, financières et techniques suffisantes, ainsi que des «étudiants motivés». «Nous avons des projets qu'on n'arrive pas à mener jusqu'au bout, faute de moyens», ajoute notre interlocutrice. Mais grâce aux réseaux informatiques et intranet national de recherche, les projets de recherche peuvent êtres conduits avec des collaborateurs provenant de différentes universités et centres de recherche algériens.

Les maths et l'informatique pour comprendre le cerveau

Amira Chekir est doctorante en «Contrôle de processus et rendus interactifs» (CPRI). Kenza Dekkiche prépare un Master 2 en télécommunications, option Communication et Multimédia. Elles font partie de l'équipe ParIMéd dirigée par le Pr Boumghar. L'ouverture du doctorat en CPRI appliqué à l'imagerie médicale a permis de recruter des chercheurs qui ont des profils d'informaticiens. Ce doctorat n'a pas été lancé sur la base d'une demande extérieure mais anticipe ce besoin puisque les cliniciens, surchargés avec leurs patients, n'ont sans doute pas le temps ni les moyens de faire de la recherche dans ces domaines. L'approche a été «très bien accueillie» par les professionnels de la santé. L'équipe de recherche collabore avec le Centre national d'imagerie médicale de l'hôpital de Bab El Oued, «qui nous a associés au projet d'émergence d'une Unité de recherche en imagerie médicale au CRBt (Centre de recherche en biotechnologie) de Constantine». La recherche en imagerie médicale nécessite des équipes de pluridisciplinaires. «Il faut regrouper des physiciens, des mathématiciens, des électroniciens et des informaticiens». Mais comment passer de ces disciplines technologiques vers des préoccupations médicales ? «L'informatique m'a permis d'acquérir les bases de la programmation que je peux exploiter dans des domaines comme l'électronique et, plus précisément, dans l'imagerie médicale. Ce qui a aussi nécessité d'acquérir des connaissances médicales, liées au fonctionnement du cerveau», affirme Amira Chekir.

«Des vidéos publiées sur Internet par des grands centres de recherche américains ou français comme l'INRIA (Institut national de recherche en informatique et en automatique – France), aident à comprendre certaines pathologies grâce à l'expérience qu'ils ont acquise avec leurs cliniciens», ajoute le Pr Boumghar qui explique qu'il est «difficile de parler des interconnexions de zones, si on ne connaît pas l'anatomie du cerveau». Kenza Dekkiche a fait son stage d'un mois de Master 1 en télécoms en travaillant conjointement avec une équipe médicale dans un hôpital. «Elle a commencé, dans son mémoire, par décrire le cerveau», ajoute la directrice de l'équipe. Le souhait de l'équipe du Pr Boumghar, c'est d'avoir des laboratoires pluridisciplinaires comprenant, en plus des spécialités technologiques et mathématiques, des disciplines comme la médecine.

Réduire la dépendance des logiciels propriétaires

Dans sa présentation lors de la "GNU/Linux Install Party 4", intitulée : «Les logiciels open source en IRM de diffusion», le Pr Boumghar affirme que les logiciels embarqués dans des équipements d'imagerie médicale sont vite «dépassés», plus particulièrement en imagerie cérébrale. Pour elle, «c'est un domaine très sensible, qui évolue très vite». «Le temps de commander et d'acquérir le matériel, de l'installer et de maîtriser son fonctionnement, une importante évolution aura été faite dans le domaine de la recherche, requérant nécessairement de revoir le logiciel qui gère ce matériel. Il faut que les développeurs de logiciels soient sur place pour incrémenter cette évolution à l'appareil utilisé», explique-t-elle.

«J'ai travaillé pendant quelques mois sur un logiciel libre d'imagerie médicale, MedINRIA, et il y a quelques jours on a dû installer une nouvelle version qui tient compte de récentes découvertes», précise Amira Chekir. L'idée qui fait son chemin, après cette expérience, c'est de mettre à jour les logiciels des équipements d'imagerie médicale achetés par l'Algérie, «voire de développer nos propres boîtes à outils». Il y a un besoin qui est fortement affirmé, particulièrement dans le domaine de l'oncologie, explique le Pr Boumghar. «Nous voudrions proposer ces logiciels libres pour les hôpitaux», affirme-t-elle, pour réduire la facture des logiciels propriétaires et la fracture dans le développement de tels logiciels. Les projets de notre interlocutrice sont nombreux. Elle souhaite, entre autres, lancer, l'année prochaine, un «master d'imagerie médicale et de neurosciences», avec le concours de plusieurs universités, en répondant un appel à projets européen, pour former les futurs spécialistes dans le domaine et qui seront dédiés aux équipes de recherche et aux hôpitaux.